Jesse est prêt à prendre sa revanche, lorsqu’il réalise que les trafiquants qui ont tué son ami emploient un garçon de 11 ans pour préparer la drogue. Il est bien décidé à les tuer et demande à Walt de lui venir en aide. Walt refuse, mais quand il se rend compte que Jesse s’est mis en danger, il comprend qu’il est bien obligé d’accepter. De son côté, Hank n’a pas très envie de rentrer à la maison, même si les médecins lui ont dit qu’il est désormais libre de partir quand il veut. Marie essaie de le convaincre de rentrer.

Un des revendeurs de Jesse s'est fait prendre à revendre de la drogue par la police locale. Jesse et Walter décident de lui fournir un avocat.

Walt ignore les exigences de Skyler, augmentant la tension qu'il y a entre eux et la poussant à s'en aller. Saul implore Jesse de persuader Walt de continuer le trafic. Souffrant toujours de crises de panique et d'anxiété, Hank dépasse les limites au travail.

C'est le jour des examens médicaux et Walter White est persuadé que le traitement n'a pas d'effet. Il décide donc, afin d'assurer une réserve d'argent suffisante pour sa famille, de faire un petit voyage dans le désert pour "cuisiner" un peu !

Walt essaie de se réconcilier avec Skyler, mais quand ses avances sont rejetées, il prend la drastique décision de réunir toute sa famille ensemble. Walter est troublé et en colère, Jr s'en prend à son mère. Avec l'aide de Saul, Jesse fait un investissement important.

Walter et Jesse sont retenus en otages par Victor et Mike. Ils craignent la réaction de Gus après le meurtre de Gale. Skyler, lui, redoute le pire depuis la disparition de Walter. De son côté, Saul est en proie à une véritable paranoïa. Il cherche des micros et des caméras cachés partout où il se rend. Pendant ce temps, Hank se remet doucement de ses blessures. Il reste chez lui, à la maison...

Les révélations de Skyler font perdre tout contrôle à Walt, qui met en danger son poste de professeur au lycée et sa relation avec Saul et Jesse. Ce dernier, lassé du comportement de son mentor, souhaite continuer seul la production de méthamphétamine et tente de prendre contact avec Gus pour revendre la drogue fabriquée. Persuadé de tenir enfin un début de piste sérieuse pouvant le mener au mystérieux Heisenberg, Hank préfère rester à Albuquerque pour approfondir ses investigations plutôt que de rejoindre El Paso.

Après l'annonce d'un début de rémission de son cancer, Walter White et sa famille décident de faire une petite fête et de prendre quelques jours de repos après leur voyage dans le désert.

Jesse découvre Jane sans vie dans le lit. Il appelle Walter pour le tirer de ce mauvais pas.

Walter a changé d'identité. Pour survivre, il doit retrouver les vidéos de Gus et s'assurer qu'elles ne tomberont pas entre les mains de Hank. Il lui faut entrer en contact avec Mike, qui est le seul à savoir où sont ces précieux enregistrements. Hélas, la police a déjà saisi les vidéos et les a mises sous scellés...

Hank est toujours à la recherche du mystérieux camping-car qui serait utilisé pour fabriquer de la méthamphétamine, sans résultat. Son collègue Gomez lui annonce qu'il bénéficie d'une promotion et va désormais travailler à El Paso. Marie tente de comprendre les états d'âmes de

son époux et confie son désarroi à sa sœur Skyler. Celle-ci poursuit sa relation avec son patron. De son côté, Gus a une entrevue avec Walt qu'il tente de convaincre de reprendre

la fabrication de drogue. Pour parvenir à ses fins, il lui fait visiter un laboratoire dernier cri, mais le professeur de chimie décline son offre.

Le petit trafic de Walter et Jesse commence à gêner les autres producteurs de la ville et leur dealer se fait abattre au milieu de la rue. Ils cherchent conseils auprès de leur avocat.

Hank est furieux d'avoir cru à la supercherie qui a permis à Jesse de s'enfuir. Aussi s'en

prend-il au jeune homme, qu'il roue de coups. Jesse est immédiatement conduit à l'hôpital et menace de porter plainte contre l'officier, qui est suspendu. Skyler demande à Walt de parler à son ancien élève afin de le convaincre d'abandonner les poursuites à l'égard de son beau-frère. Par ailleurs, Walt n'est pas convaincu par son nouvel assistant, qui semble pourtant plus compétent que Jesse. Quant aux deux tueurs mexicains, les indications de Gus les lancent à la poursuite de Hank.

Walt commence à travailler dans son nouveau laboratoire en compagnie de Gale Boetticher,

son nouvel assistant. De son côté, Jesse met sur pied une nouvelle organisation pour vendre la méthamphétamine qu'il produit désormais seul. Il ignore qu'il est étroitement surveillé par Hank. Informé des soupçons de son beau-frère à l'encontre de son ancien partenaire, Walt tente de prévenir Jesse du danger qui le menace, lui précisant qu'il doit se débarrasser du camping-car au plus vite. Quant à Gus, il reçoit dans son restaurant la visite des deux cousins mexicains qui tentent de faire pression sur lui.

Walter se procure illégalement une arme. Pour tenter de ne plus penser au meurtre qu'il a commis, Jesse se cherche des distractions. Quant à Hank, il se montre toujours aussi distant...